こちらで紹介されていたので自分でも試してみました。
XcodeのUpdateの度に出て辛かったので非常に助かります。
XcodeをアップデートするとXib・Storyboardを開いただけで差分が出るのをなんとかする - Qiita
コマンドは下の通りです。
find . -name "*.storyboard" -or -name "*.xib" |xargs -IFILE xcrun ibtool --upgrade FILE --write FILE
コマンドを打ったらしっかりと反映されました。
ここで出てきたibtoolですが、NibファイルやStoryboardを操作できるもののようです。
