プロジェクト本体だけでなくPodsの方のbitcode=NOにしないとエラーになる現象に遭遇した時の対処法です。
Podsの方はpod installの度に設定がリセットされるので単純にbitcode=NOにするだけでは解決になりませんでした。
幸いbitcode=NOにしなければいけないのは個人用ライブラリだったのでPodspecに下設定を書くだけでデフォルトでbitcode=NOになって解決しました。
s.pod_target_xcconfig = { 'ENABLE_BITCODE' => 'NO' }
ちゃんとbitcode=NOになってくれました。