pod install はPodfile.lockのバージョン情報を元にライブラリをインストールして、pod updateはPodfileの各ライブラリの最新版をインストールしてくれます。
ライブラリをアップデートしたい時だけpod updateを使えば良さそうです。
また、pod update xxx(LibraryName)とすれば特定のライブラリだけアップデートする事ができます。
ついでに他のコマンドも調査してみました。
pod listはCocoaPodsでインストールできるライブラリ一覧が取得できました。
pod ipc listで一覧の詳細を見れました。
特定のライブラリを検索する時はpod search が便利そうです。
pod init はPodfileを作成してくれるのでアプリの新規作成時に便利です。
自分でCocoaPodsライブラリを作る際はpod lib create xxx(ライブラリ名)コマンドを使うと良さそうです。
プロジェクトの初期化をしてくれます。
pod try [ライブラリ名] はライブラリのサンプルをダウンロードできて便利です。
ライブラリを軽く試す時に使えそうです。